Специализация студентов факультета прикладной математики и информатики в рамках избранной специальности осуществляется, начиная с третьего курса обучения.
специальность «ПРИКЛАДНАЯ МАТЕМАТИКА»
| Наименование специализации | Специализирующая кафедра |
| Численные методы | Вычислительной математики |
| Математическое моделирование | Компьютерных технологий и систем |
| Математическая кибернетика | Вычислительной математики |
| Теория вероятностей и математическая статистика | Теории вероятностей и математической статистики |
| Оптимизация и оптимальное управление | Методов оптимального управления |
| Анализ данных и моделирование сложных систем | Математического моделирования и анализа данных |
| Математическое и программное обеспечение вычислительных машин и систем | Технологий программирования |
специальность «ИНФОРМАТИКА»
| Наименование специализации | Специализирующая кафедра |
| Программное обеспечение вычислительных систем | Многопроцессорных систем и сетей |
| Интеллектуальные информационные системы | Информационных систем управления |
| Программное обеспечение систем автоматизации | Дискретной математики и алгоритмики |
| Программное обеспечение систем автоматизации (в биомедицинской информатике) | Биомедицинской информатики |
| Мультимедийные Web -системы и компьютерная графика | Компьютерных технологий и систем |
специальность «ЭКОНОМИЧЕСКАЯ КИБЕРНЕТИКА»
| Наименование специализации | Специализирующая кафедра |
| Эконометрическое моделирование, анализ и прогнозирование | Математического моделирования и анализа данных |
| Методы оптимизации в управлении в экономике | Методов оптимального управления |
специальность «АКТУАРНАЯ МАТЕМАТИКА»
| Наименование специализации | Специализирующая кафедра |
| Математика финансового рынка | Теории вероятностей и математической статистики |
специальность «КОМПЬЮТЕРНАЯ БЕЗОПАСНОСТЬ»
| Наименование специализации | Специализирующая кафедра |
| Математические методы защиты информации | Математического моделирования и анализа данных |
| Защищенные информационные системы | Технологий программирования |
специальность «ПРИКЛАДНАЯ ИНФОРМАТИКА»
| Наименование специализации | Специализирующая кафедра |
| Системы распределенной обработки данных | Многопроцессорных систем и сетей |
| Мультимедийные системы и интернет-программирование | Компьютерных технологий и систем |
| Системы принятия решений | Дискретной математики и алгоритмики |
| Интеллектуальные информационные системы | Информационных систем управления |
| Программное обеспечение встроенных систем | Технологий программирования |
| Надежность и тестирование информационных систем | Вычислительной математики |